两个AD芯片时钟不同源，FPGA输入的两路数字中频应如何处理？

板上有两个天线，两路模拟中频A和B，经两片AD（时钟不同源，采样时钟均为62MHz，数字中频均为15M）采样后给FPGA，各自的时钟也分别给FPGA，但是A的时钟clka比B的时钟clkb稍快，大概快20Hz。FPGA的主时钟使用B的62MHz。扩频通信，需要对信号进行连续跟踪（卫星导航）BPSK，码率10M，数据率500bps。涉及到跨时钟域采样的问题，请问各位大牛都是如何处理这种情况的?
我们使用了一个FIFO，用clka控制写入，用clkb控制读出。使用其“almost full”和“almost empty”来控制读写信号。“almost full”时丢掉一个写入数据，“almost empty”时保持读出数据保持上一值。由于clka比clkb快20Hz，因此每隔50ms会丢失一个数据，请问这种情况会影响信号的频谱吗?现在的表现是信号不能稳定跟踪，环路不稳，误码较高。请各位大侠解惑支招出主意，有哪里表述不清请提问，需要测什么我配合。不胜感激！

自己顶一下

用各自的时钟做信号处理，或者避免丢失点两侧的信号做频谱分析，个人感觉即使是用丢失点两侧的信号做频谱分析，对频谱的影响也可以忽略。
信号不能稳定跟踪，环路不稳，误码较高----不明白是什么意思

两个fifo输入时钟用各自的，输出时钟都用fpga内部同一个时钟

应该会引入杂散吧