衬底连接孔的设计应该遵循哪些原则？如果不遵循这些规则，导致的结果是？

基本原则确保 不形成 latch-up，这个在一般情况下DRC 或者ERC里面都有定义。所以通过验证一般没问题，个别复杂应用环境另做讨论。
然后就是应用于隔离和防护上寄生电阻越小越好，如果你们是土豪 那么就不需要考虑在面积上的折中。
然后就是如果你的AA/TO 已经画了 最好是能打满CT 就尽量打满吧要不然浪费可耻呀

谢谢