Altera FPGA PCI IP核调试问题请教

各位大神：
     本人最近在做一个板卡，板卡主控采用ALTERA FPGA，FPGA通过PCI IP核和上位机通信，现在遇到一个很麻烦的问题。由于设计比较复杂，FPGA内部功能模块比较多，在调试FPGA内部模块（非PCI ip核）需要对FPGA进行重复烧写调试，这样问题就来了，FPGA一重新烧写程序，PCI总线工作就不正常了，需要重新启动系统PCI才能正常工作，那位大神有没有办法让烧写完程序后不重启系统也能正常通信。
     本人认为一开始系统已经识别到模块了，总线也能正常工作，重新烧写程序Ip核部分代码是一样的没有改动，那应该还能继续通信才对啊，现在情况是烧完程序不重启，资源管理器上面PCI设备还在，系统没有任何提示异常，但是PCI总线读写就不正产，重启系统就好了。自己有两个思路，但是不知道怎么实现：一个是烧写程序的时候只烧写其它部分，PCI IP部分不烧写（sof文件），不知能否实现?重启太麻烦了，浪费很多时间，请各位大侠帮忙，感激不尽！