对cpu指令的编码是不是就是机器码？下载到rom里的二进制文件的内容是不是机器码？

目前在学习一款cpu软核，对cpu软核进行仿真时总是出现程序跑飞的情况，波形中pc指针的数值累加从0加到2之后再加就变成1了，再然后就是一些特定数字的循环。自己根据pc指针数值的变化感觉是cpu指令执行有毛病。自己在仿真的时候用编译器和转换工具将cpu软核中的c程序编译并转换生成二进制文件，这二进制文件可以下载到rom里进行初始化。因为自己在检查问题时发现cpu软核代码中对指令的编码跟自己生成的二进制文件里的内容不一样，所以想问一下上面的两个问题：对cpu指令的编码是不是就是机器码?下载到rom里的二进制文件的内容是不是机器码?