为什么FPGA里面的端口要组织成差分对形式呢？

你可以baidu一下差分信号相对于单端信号的优势。
另外，FPGA设计目标就是灵活性和多用途，所以其管脚必定支持多种电压和模式。设计成差分方式理所当然。

这个图很漂亮

你这图从哪弄的啊

额，不是ISE planahead软件里面的吗?就是配置管脚时候的图，我放大了一下。