关于设计一个测频率计的问题

最近自己设计了一个测频率的模块，使用一个基准时钟做了一个1s的门限，在这个门限内，对待测信号的脉冲进行计数，然后在1s后将计数值与几个初定值进行比较，再产生不同的结果输出，可是现在从实验的结果看，1s的门限很准，但是在1s内对待测信号的脉冲计数只计了一半，不知道是哪里出的问题，有没有人遇到过这种问题啊?我哪里做的有问题?基准始终从从0计数到999关闭门限，到1010时对待测信号计数清零，然后在1023时自己复位重新计数，哪里有问题吗?