add->rectangle和shape里的rectangle有啥不一样？

有区别，看你用在哪里了。
allegro对我的感觉，那些功能命令，对于同一个目的，可以用很多不同的命令来实现，不同的是哪种方法可以使操作者更快捷的来完成操作。
最重要的是，你这些命令操作的对象是在哪一层，这一层在你整个PCB中的作用是什么?

等于没说。

add->rectangle里的为非电气特性的2D LINE,如板框；而shape>rectangle里的可赋于其网络，如给某网络画铜皮！