allegro drill 文件问题

第一次用allegro画板，有些问题不明白：图中最下面layer pair和by layer有什么区别?看于博士的教程中说没有盲埋孔就用layer pair，有就用by layer，但当我用by layer生成了drill文件给加工厂商，厂商说得把通孔单独拿出来?这个是什么意思?

by layer适合任意层互连