差分线这样走线是否有影响

没影响

这两个信号的振幅相等，相位相反。
现在两根线刚好是相反方向对着走，相位应该等于相同了。就怕有影响

相位相反首先要看你的0势参考点的位置在哪。显然你这里的0势点依然在差分线之间。
其次，相移和你物理长度以及速率有关，这一点点长度所造成的相位差没什么影响。
若担心，可以提取参数做时域分析，看是否有什么相位差。

多谢指正。

没有问题

过孔是哪一层到哪一层，考虑一下gnd回流孔的问题

TOP-BOT 通孔，gnd via也是。

和等长有关系吗?