请问：何时需要设置Drill pairs？

是的。

如果是通孔的话也可以设置为 start  layer  
                                           top
                                         end   layer   
                                           bottom

说得很对呀

设置了Drill pairs，可打出来的孔还是通孔是为什么呢?

你的过孔类型也要设置，用快捷键V