定时中断中时间过长

中断程序：
__interrupt void isrVrti(void)
{
    unsigned char i,j;
    CRGFLG_RTIF = 1;                  /*  Clear Interrupt Flag    */     
    ulCLOCK_SYSTEM_TICK++;
    if(ADcount<ADNR)
    {
       for(i=0;i<3;i++)
          AN[ADcount]=AD_Average(i);  //ADcount  采样个数=30
       ADcount++;
       ArryFull=0;
    }  else
    {
       ArryFull=1;
       for(i=0;i<3;i++)
       {
           for(j=ADNR-1;j>0;j--)
                AN[j]=AN[j-1] ;
           AN[0]= AD_Average(i);
       }
    }
}
时钟程序：

void Clock_Init(void) {          //OSCCLK=20M
  CRGFLG_LOCKIF = 1;            //0:RTI timeout iterrupt disable 1:interupt enbale      
  CRGINT_LOCKIE = 0;           //PLL Lock interruput request  disabled      
  CLKSEL_PLLSEL = 0;            //时钟信号来自晶振  BusCLK=OSCCLK/2                                                                          
  PLLCTL_PLLON = 0;             //PLL Turned off
  SYNR = 0x01;                       
  REFDV = 0x00;                 //PLLCLK=2*OSCCLK*(SYNR+1)/(REFDV+1)=2*16*2/1= 64MHz
  PLLCTL_PLLON = 1;             //0:PLLCLK OFF  1:PLLCLK ON
  while(CRGFLG_LOCK == 0) {         
    ;
  }
  CLKSEL_PLLSEL = 1;        //1:busclk=PLLCLK/2;0:busclk=oscclk/2
  RTICTL = 0xA7;           //time out interrupt period=busclk/40*10^3
  CRGINT_RTIE = 1;        //0:interrupt disable  1:interrupt enable         
}
主程序：
  Clock_Init();
  IO_Init();                     
  PWM_Init();
  AD_Init();
  EnableInterrupts;
     Clock_SysDelay(10);
     Digital.cycle_1st=1;

    for(;;)
    {
      Digital.A11_A12=PORTA_PA0;//*********************  读A3_A4开关状态*********************************
        Digital.A3_A4=PORTA_PA1;//*********************  读A3_A4开关状态*********************************
         if(ArryFull==0) continue;
     Digital.ON= (Digital.A11_A12| Digital.A3_A4);
}

单片机晶振为20M，发现程序运行至 Digital.ON= (Digital.A11_A12| Digital.A3_A4);需要2~3S
中断采集数据需要那么长时间吗，中断定时0.5ms,理论上运行完15ms
是否这款单片机是中断有问题?单片机型号：MC9S12XET256