“机械制造及其自动化”专业考研究生到自动化系算是对口的吗？

不对口，前者就是机制而已，和后者差了十万八千里。

你对自动化感兴趣?
整天学习线性代数/线性系统理论,

别考研了，毕业就直接从事采购或销售吧。

关键在于有兴趣，不对口也没关系，把自动化的课程自己去学过。
有兴趣有决心，无难事。

有朋友本科学金属材料的，硕博连读考到沈阳自动化所，现在自动化副教授
本科学什么，真的没一点关系

学什么并不重要，重要的还是兴趣。

本科是硕博重要的基础，怎么能说本科学什么没一点关系？你这就是跑到另一个极端上去了。你不看看你那朋友本科期间都学了什么，以及之后转自动化又付出了什么，显然要比本科就在这个专业读要花更多的时间和精力。

机械制造自动化在我们这就不是机制而已