出现这种情况还有其他解决的方法吗？

老出现同层的线不能连接这种情况，必须点击右键选择“switch rule" 才可以连起来，直接更改net的连接拓扑结构为protected可以，但又会出现另外一种情况。

请教下 你用的什么软件  

pads route,TKS！

这是规则不同引起的啊，很正常的，不同元器件不同规则就是需要规则切换的。