多层电路板，调试时，发现部分电路板运行稳定，部分不稳定，怎么判断原因及如何修板？

一般都不会先查电路板制作的问题。
有问题，先检查焊接，一眼看过去，焊接有问题的或者空焊的核对一下资料
再次，根据具体的现象检查原理图，看是否有些地方设计不合理造成的有问题。
最后在上述无果的情况，才来确认电路板制作的问题。
不过，你没有描述现象，没有图纸。你就自己去分析吧。

谢谢！
情况是这样：24V电源模块输出电源与地给串口用，路径是从电源模块输出到一控制板上经过公座母座子到底板，再到插针插座到DB9。
就是什么都查了好多次，而且器件也多次自己焊接，如插针，插座等，重新焊接后，情况好了，但一会又坏了。

你的描述不够清楚。
24V电源模块输出电源与地给串口用，路径是从电源模块输出到一控制板上经过公座母座子到底板，再到插针插座到DB9。
你的意思就是一电源模块，输出电源给控制板用，这个控制板有个串口?那你的问题是什么?那个部分工作不正常?