CC2541的Timer1测量一个外部电路电平下降时间测出来波动十分大

用CC2541的Timer1来通过IO口测量一个外部电路电平从3.3V降到0V的时间，并且运行了蓝牙协议栈。
       选了定时器时钟为32分频，所以1个clk为1us，因为Timer1最大计到0xFFFF，所以最大量程为65535us，即65ms。
       当这个外部电路放电时间在大约1ms量级及以下时，测量都是十分准确，并且稳定的。并且测量值不随我程序中在哪里启动测量而变化。
       但是，当外部电路时间放电时间在大约10ms量级及以上时（<65ms），测出来波动十分大，例如从0x1100波动到0x2E00，波动十分厉害。并且，如果我在程序中不同的地方启动测量，测量出的结果差异会非常大。
       我的设备是用电池工作的，会进入休眠状态。这个和休眠有关系吗?是什么问题，应该如何解决呢?
       我觉得这个是和协议栈有关，因为我不带协议栈裸跑测量是稳定的。