cyclone iii外部有5V的信号，应该如何设置才能兼容？

    那肯定的，一个1K的电阻起什么用?
5V的信号的话，加个三极管就可以了的
或者，你只是想自己做实验而已，那就用稳压二极管

最简单的方法是接个电阻分压，电阻取值自己算一下。
也可以用一些像PI5C3384之类的总线隔离芯片。
还有就是用一些缓冲器，比如74HC系列的。

cyclone iiiIO口是3.3V吧，外部5V的电平严格意义上是要逻辑点名转换的，可是5V到3.3V的话可以简化一下，为了保证IO口的安全，串接一个1K的电阻限制一下IO口接收到的电流，起到缓冲作用。这种操作是可以的，不会对你的信号有多大影响。