基站协议都是什么干什么的

楼主的问题似乎并没有搞得清楚。
协议是通信双方为了实现通信而设计的约定或通话规则。
在通信系统中，协议的制定只是为了方便芯片的研发、算法的一致、核心与无线的对接以及系统的接入原理等等；
而楼主所说的基站的协议，从我个人角度理解，你问的应该是空口上的协议和基站与基站控制器之间的协议。
其实具体的协议中，只定义了接口，这些接口中包含了各种信令消息和各种参数。
基站的硬件部分其实已经集成了系统中的大部分算法，这些是不需要输入的。
我们通常向基站中输入的，例如脚本和命令，都只是定义了一些物理链路、基站名称、频点号以及硬件板块位置等等；还有选择了不同的算法，如编码方式、扩频码的阶数等等；最重要的就是定义了该基站的一些参数，例如接入参数、功控参数等等；
总之，这些所谓的必须往基站中输入的“协议”，其实都是为了一个目的，就是保证终端顺利接入，业务正常运行，完成一次完整的通信。

这么说，不知楼主明白了没有？