怎样防止编译后的C语言文件被反编译？

可以加密吧?

生成二进制文件 貌似不会被反编译吧

这个是没有办法解决的。 你所说的属于逆向工程范畴。
如果你的目的是为了防止程序被别人盗取，只能多多采取软件陷阱，硬件保护措施。 尽最大努力提高被破解的门槛。