我现在程序在中断函数里面运行，但中断函数本身运行的时间是超过1ms 的，这个时候计时1ms又到了，程序是怎样运行的

那就是扯蛋，中断里面要越短越好，尽快跳出。

那中断时间过了1ms那怎么办，进入中断的时候定时器会计时吗?

如果不是自动重装，不还得重装计数值么。

1MS以后的程序 就88了

你这个本身就是设计有问题了,可能出现的问题还蛮多的.中断跟你定时器时间差不多,说明你中断有问题,或者是定时器时间设置不合理,两个只能选一个.

新的中断到了会重新触发中断，也就是中断函数还没执行完又重头开始，解决办法是在执行中断期间将定时器关闭（TR0=0），或者定时器设置合理的触发时间。

51不会被同级中断打断，也就是说只会置位中断标准位（51定时器中断是可以锁存的）但不会触发中断，等运行结束后再执行一条指令后单片机检测到有中断标志位置位，马上进入中断，然后如此循环！