进入中断服务程序后给定时器装载初值问题

我的是freescale mc9s12xdp512单片机，利用PIT中断产生波形的函数函数，进入中断后又给PIT装载初值并且是强制装载，但是中断服务程序后面还有代码，那么这个时候，程序是怎么运行的呢，我在想这个时候PIT应该是马上进入新的数值进行递减，但是中断服务程序还是继续往下走的吗?往下走后又马上进行下一个强制装载数值，这就有个问题，那么就是上一个数值如果时间够长的话，可能就被下一个数值给覆盖了

可能我说的不是很清楚啊，就是利用中断产生波形的时候，PIT工作和CPU运行之间的关系啊，求大神解惑啊