POLY上层和金属M1走线有较多的重合，会不会造成寄生电容增大

必然会有。
如果要减小串扰，尽量让两层走线垂直交叉。而且每层走线都是一个方向。比如poly上下走，metal左右走。
如果是电阻或者电容poly，drc规则会要求不覆盖金属。
尽量少用poly走线，尤其不要走长线。

THX收获很大
感觉垂直交叉布线还是有点困难，但是把POLY和M1重合减少还是能做到的。