我想问一下，刚买到的CC2541Keyfob里边装载好的程序哪里可以下载到

按一下按键，就会红灯闪烁，被CC2540Dongle捕捉到的那个程序。

你安装了官方的SDK没？BLE-CC254x-1.4.0.exe

协议栈的安装文件夹内有  C:\Texas Instruments\BLE-CC254x-1.4.0\Projects\ble\KeyFob

里边有三个文件夹，编译生成HEX下载就行了吗，或者仿真？

安装了，谢谢，怎么使用协议栈进行开发呢，直接复制协议栈改写行不行？

我不太理解你所说的意思。但是协议已经固化在芯片里面了，你可以在KeyFob的基础上进行修改成你需要的程序。