数据下载和上传问题

我有一批数据要（100M左右）要下载到FLASH里，然后FPGA再读取FLASH里的数据。如果通过
电脑USB接口下载数据到FLASH话，会不会将有关文件系统的数据也下载到FLASH里?如果那样的话，我的FPGA没法识别出哪些是文件系统的数据，哪些是我真正需要的数据。
另外，FPGA处理完后的数据也是存储在FLASH里，然后再将FLASH里数据上传到PC进行数据
分析。请问这种即要下载，又要上传，并且只有一块FPGA，该采取什么样的方案呢?想过
用PC<-->ARM7 串口<-->FPGA<-->FLASH,但觉得这样太复杂了，而且速度也慢，各位还有什么高招么?

数据下载和上传问题
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