薄导体上挖孔

我在一个矩形波导腔壁上挖孔，由于波导是没有厚度的，我画了一个矩形面在波导壁上然后设置矩形面的边界条件是PHC，但是会报错说PHC和PEC面重合，为什么啊?不是在PEC上覆盖PHC面就相当于开孔吗?

上模型吧

就是任意建一个矩形，然后在矩形的壁上挖孔啊

矩形波导外是否有空气盒子?
如果没有空气盒子的话，那么这个波导外面相当于是无限大的PEC填充的，你在面上开个孔当然没有效果了。
另外理想磁导体一般简写为PMC，不是PHC。

这个建矩形波导要在波导外面加空气盒子吗

不一定，看你的需求了。如果不算波导的辐射，那么就不用加，但是这时候波导应该不好开孔。如果要计算辐射，那么就要加空气盒子，这时候就比较容易开孔。