跪求解释下！大神请进！关于嵌入式方面

我之前看书有了解：嵌入式系统包括包括硬件和软件两个部分，而沟通它两的是嵌入式操作系统（不知道理解对不对），我疑惑的是：例如你说这个单片机吧，我只需要写好运行程序，然后烧写到单片机就可以运行了，那么嵌入式系统，我将操作系统烧写到ARM这些支持操作系统的芯片后，运行程序怎么烧写进去，还是说我在编写操作系统的时候其实已经把运行程序进行编写了（就好比在编写操作系统的时候，其实已经对ARM的各个端口资源及寄存器进行编写了）。
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大神啊，大神，快帮忙吧~！

就没人指点?